Die Sammlung verbindet museale Kunst des Mittelmeerraumes mit der Archäologischen Lehrsammlung für Studierende. Sie umfasst aktuell mehr als 550 Objekte der griechischen, etruskischen und römischen Antike, darunter Meisterwerke griechischer Vasenmalerei, Reliefs und Marmorportraits. Mit den Architekturfragmenten einer Tempelanlage aus Baalbek/Libanon im Foyer der Sammlung bekommen Besucherinnen und Besucher einen Eindruck der Monumentalität römischer Bauten. Die 800 Gipsabgüsse antiker Statuen und Reliefs bieten einen Querschnitt antiker Kunst, deren Originale in Museen weltweit stehen.

Zur Wiedereröffnung wird die Sonderaustellung „Skulpturen in Pergamon. Gymnasion – Heiligtum – Palast“ gezeigt, die bis Ende Juli 2011 zu sehen ist. Die Staatlichen Museen zu Berlin – Stiftung preußischer Kulturbesitz haben dazu wichtige originale Leihgaben zur Verfügung gestellt und mit der Freiburger Sammlung kooperiert. Im Zentrum steht das Gymnasion von Pergamon, wo der Freiburger Professor für Klassische Archäologie und Leiter der Sammlung, Prof. Dr. Ralf von den Hoff, von 2004 bis 2009 zusammen mit dem Deutschen Archäologischen Institut Ausgrabungen durchgeführt hat. Die Sonderausstellung wurde zusammen mit Studierenden der Universität Freiburg erarbeitet. Auf diese Weise fließen Ausstellungsprojekte in die archäologischen Lehrveranstaltungen mit ein und vermitteln berufsorientierte Kenntnisse. Auch in Zukunft werden Sonderausstellungen in der Archäologischen Sammlung der Universität Freiburg stattfinden.

Das Sammeln antiker Kunst hat an der Universität Freiburg eine lange Tradition, die mehr als 150 Jahre zurückreicht. Prof. Dr. Anselm Feuerbach beantragte 1839 Kopien antiker Originalstatuen für die Lehre. Mit diesen Gipsabgüssen begründete er den systematischen Aufbau einer Archäologischen Sammlung in Freiburg. Solche Abguß-Sammlungen boten im 18. und 19. Jahrhundert oft die einzige Gelegenheit, eine konkrete Anschauung von den vielbewunderten und für vorbildlich erachteten Bildwerken des Altertums zu gewinnen. Prof. Dr. Otto Puchstein, Professor für Klassische Archäologie in Freiburg von 1896 bis 1905, sorgte für einen prominenten Zuwachs unter den Originalstücken: Von 1900 bis 1904 leitete Puchstein die Ausgrabungen in den römischen Tempelanlagen von Baalbek im Libanon und konnte über 40 Fragmente kaiserlicher Architekturornamentik mit Erlaubnis der osmanischen Antikenverwaltung aus Baalbek nach Freiburg transferieren.

Im November 1944 fiel der überwiegende Teil der Archäologischen Sammlung, die im Keller der Alten Universität aufbewahrt wurde, den Bombenangriffen auf Freiburg zum Opfer: die Gipsabgüsse waren zerstört – nur einige Vasenscherben und die Baalbek-Fragmente hatten die Angriffe unbeschadet überstanden. Prof. Dr. Walter-Herwig Schuchhardt, Leiter der Archäologischen Sammlung, konnte nach den Kriegszerstörungen keinen adäquaten Ersatz für die zerstörte Sammlung schaffen. In den Nachkriegsjahren waren kaum Mittel für eine neue Abguß-Sammlung vorhanden. Von der Karlsruher Akademie der Bildenden Künste erhielt die Universität Freiburg eine größere Anzahl von Gipsabgüssen. Das Archäologische Institut erwarb vereinzelt weitere Exponate, die zur Forschung benötigt wurden, und die wenigen Abgüsse, die den Krieg überdauert hatten, konnten restauriert werden.

Die Sammlung einem breiten Publikum zugänglich zu machen – eine Idee, die Prof. Schuchhardt bereits 1938 verfolgte – wurde schließlich unter Prof. Dr. Volker Michael Strocka, Direktor des Archäologischen Instituts, realisiert. Auf sein Betreiben hin wurde der Freundeskreis der Archäologischen Sammlung gegründet, dessen Vorsitzender bis heute der Freiburger Mäzen Franz A. Morat ist. Mit einer Sonderausstellung präsentierte sich die Archäologische Sammlung 1982 erstmals der Öffentlichkeit. Seit 1988 befand sich ein Teil der Sammlung öffentlich zugänglich im Erdgeschoss der Universitätsbibliothek und weitere Teile im Rektorat und im Tiefkeller des Kollegiengebäudes III.

Heute, am neuen Standort der Archäologischen Sammlung, sind erstmals in ihrer Geschichte überhaupt alle Abgüsse und Originale an einem Standort vereint.