Aber auch aus historischen Epochen, die bereits im Licht von schriftlichen Quellen liegen, aus denen Notentexte und Musikinstrumente in Bibliotheken und Museen überliefert sind, gibt es archäologische Funde von Musikinstrumenten. Die Bodenfunde von Musikinstrumenten des Mittelalters und der Neuzeit spiegeln eine andere Dimension musikalischer Äußerung wider, als die über dem Boden überlieferten Instrumente aus derselben Zeit. Es gibt nur wenige Fragmente, die von höherentwickelten Musikinstrumenten der "Kunstmusik" herrühren, also etwa von Trompeten, Posaunen und komplexeren Holzblasinstrumenten. Im Fundmaterial der Stadtgrabungen aber sind kleine Flöten, Pfeifchen, tönerene Nachtigallen, Brummknochen und Maultrommeln allgegenwärtig. Im archäologischen Kontext finden sich nur höchst fragmentarische Spuren vergangener Musikkultur und wiederum nur aus ganz bestimmten alltäglichen Lebensbereichen.

Professionelle Musik der Neuzeit hat kaum Spuren hinterlassen, denn ein großes Streichinstrument oder eine Orgel gelangt kaum in den archäologischen Kontext. Ein komplexes professionell angefertigtes Musikinstrument ist ein Wertgegenstand, der kaum verloren geht oder im ganzen weggeworfen wird. Ein Blechblasinstrument wird recycelt, ein Holzblasinstrument verbrannt, wenn es ausgedient hat und es nicht pietätvoll über dem Boden deponiert wird. In Schiffswracks des 16.-17. Jahrhunderts, wie der Mary Rose (1545), der Batavia (1629) oder der Kronan (1676) wurden einige Musikinstrumente gefunden, die vom militärischem Kapellwesen an Bord zeugen: Trompeten, Streichinstrumente, Flöten und Trommelschlegel. Archäologische Befunde, die durch eine Katastrophe entstanden, überliefern Musikinstrumente im Kontext ihrer Verwendung und in sehr guter Erhaltung.