Der Sammeleifer der Forschungspioniere verebbte um die Jahrhundertwende. Man stellte fest, daß bei der wilden Ausbeute der Fundstätten viele Erkenntnismöglichkeiten verlorengingen. Behördliche Verordnungen - 1873 für die Seen des Kantons Bern, 1905 für das badische Bodenseeufer - verboten unkontrollierte Ausgrabungen und reservierten damit Fundstätten für einen Kreis von Fachleuten.

An Universitäten lehrende Prähistoriker setzten in den 20er Jahren die Untersuchung der Ufersiedlungen fort. Im Federseemoor nahmen Robert Rudolf Schmidt und Hans Reinerth vom neu gegründeten Urgeschichtlichen Forschungsinstitut der Universität Tübingen die Ausgrabungen in die Hand. Erstmals wurden ganze Siedlungen systematisch freigelegt, maßstabgetreu dokumentiert und fotografisch exakt aufgenommen. Große Siedlungsflächen unter Wasser auszugraben, blieb lange Zeit ein Traum. 1929/30 ging er in Erfüllung, als Reinerth in Sipplingen einen 22x22 m großen, doppelwandigen Ausgrabungskasten in den Bodensee setzte. Paul Vouga, der an der Universität Neuchâtel lehrte, stieg am Neuenburger See in kleinere Caissons und begann durch genaue Schichtbeobachtung eine Chronologie der westschweizerischen Ufersiedlungen zu erarbeiten. Für Grabungen in verlandeten Gewässern machten die am Federsee gewonnenen Erfahrungen Schule. Ab den 30er Jahren kam es dann zu ersten Großgrabung in Feuchtgebieten der Schweiz.

Vor allem die kleinen, verlandeten Seebecken waren in den 50er Jahren das Ziel der Ausgrabungen. Das Wauwiler Moos, der Burgäschisee, Thayngen-Weier und Niederwil zählten zu den bedeutendsten schweizerischen Projekten. In Norditalien wurde auf einer Insel im Lago di Varese eine moderne Grabung nach stratigraphischen Gesichtspunkten durchgeführt. Auch in Slowenien gab es zur Untersuchung der Siedlungen im Laibacher Moor einen Neuanfang.

An den großen Voralpenseen nördlich wie südlich der Alpen stagnierte die Forschung. Lange Zeit stellten hier riesige Pfahlfelder mit Zigtausenden von Einzelpfosten die Ausgräber vor erhebliche Rätsel.
Völlig ungenügende Forschungsmethoden ließen die Hausgrundrisse in den Seen unerkannt, während in den Mooren die Reste ganzer Gebäude aufgedeckt wurden. Zwar hatten bereits 1854 erste Versuche mit Tauchereinsatz stattgefunden, doch bedurfte es der Entwicklung neuer Techniken, um unter Wasser wirklich arbeiten und forschen zu können.

Erst über 100 Jahre später, ab den 60er Jahren, ermöglichte moderne Technik ein erfolgreiches Eindringen in die Flachwasserzonen. Vorbildlich waren vor allem Ulrich Ruoffs neu entwickelte Taucharchäologie am Zürichsee und die Durchführung einer Caissongrabung in Auvernier am Neuenburger See durch Christian Strahm, Alain Gallay und Jean-Pierre Jecquier.
Seitdem kam es im Zuge von Baumaßnahmen an den Schweizer Seen zu einer alle Erwartungen sprengenden Fülle von großen Rettungsgrabungen durch die Kantonale Denkmalpflege. In Süddeutschland begann 1979 ein Projekt zur Erfassung und Erforschung der Feuchtbodensiedlungen, das sich zu einer ständigen Einrichtung der Denkmalpflege entwickelte. Auch in Ostfrankreich, Österreich und Italien kam die Forschung wieder in Gang.