Jürgen Seeher war von 1989 bis 2014 als Referent für Ur- und Frühgeschichte an der Abteilung Istanbul des Deutschen Archäologischen Instituts (DAI) tätig. Hier leitete er zunächst die Ausgrabungen in Demircihöyük bei Bursa in Kooperation mit dem dortigen Museum und danach von 1994-2006 die Ausgrabungen in Hattuscha-Bogazköy, die zu den prominentesten Projekten der deutschen archäologischen Forschung im Ausland zählen. Vor allem durch seine Arbeiten in Hattuscha hat sich Jürgen Seeher international und besonders in der Türkei einen ausgezeichneten wissenschaftlichen Ruf erworben und zugleich erheblich zum Renommee des DAI beigetragen.
Ein besonderes Anliegen ist ihm die Vermittlung archäologischen Wissens über Fachkreise hinaus, wozu er u. a. durch federführende Beteiligung an verschiedenen Ausstellungsprojekten und einen sehr erfolgreichen Führer zu den Ruinen in Hattuscha beigetragen hat. Höhepunkt seines weit über das Geforderte hinaus gehenden Engagements in Hattuscha war die Einweihung eines rekonstruierten Teilstücks der Stadtbefestigung aus Lehmziegeln 2006 in Anwesenheit des Ministers für Kultur und Tourismus der Republik Türkei. Dieses Projekt, das eine mustergültige Verbindung von Forschung und Wissensvermittlung darstellt, hat große Anerkennung gefunden und wiederum sehr zum guten Ruf der deutschen Archäologie in der Türkei beigetragen. Gleiches gilt für seine Publikationen, von denen er mehrere auch in türkischer Sprache verfaßt hat.
Wie kaum einem anderen deutschen Archäologen ist es Jürgen Seeher gelungen, enge wissenschaftliche und persönliche Beziehungen im Gastland Türkei aufzubauen und sich dort ein hohes Ansehen zu erwerben, das auf das DAI ausstrahlt.
