Die zirkumalpinen Pfahlbauten sind berühmt für ihre überaus reiche Überlieferung der Alltagskultur. Hinweise auf Kult und Religion ihrer Bewohner sind dabei lange Zeit auffällig spärlich geblieben. Schmuckstücke mit Amulettcharakter, besonders verzierte Gefäße und wenige Idole und Tierfiguren ließen von geistiger Kultur nicht viel erkennen. Auch konnten nur selten Gräber mit den Siedlungen direkt in Verbindung gebracht werden. Eine markante Erscheinungsform jungsteinzeitlicher Religiosität sind jedoch Menhire an den Seen der Westschweiz, die durch aktuelle Grabungstätigkeit den Ufersiedlungen zeitlich zuzuweisen sind. Es handelt sich um einzeln oder in Gruppen aufgestellte Steine von teilweise kolossalem Ausmaß. Sie bezeugen Kontakt zu den Megalithkulturen Westeuropas und stellen vielleicht Ahnenfiguren dar.

Am Bodensee glückte Anfang der 90er Jahre eine weitere, nicht weniger wichtige Entdeckung. In den Ufersiedlungen von Ludwigshafen und Sipplingen fanden sich Reste abgebrannter Lehmhäuser mit Wandmalerei in weißer Kalkfarbe. Zahlreiche Zeichen und Symbole, ein im Brandschutt gefundenes Gehörn eines riesigen Urstieres und nahezu lebensgroße, realistisch aus Lehm auf die Wand geformte weibliche Brüste lassen vermuten, daß sie zu kultisch genutzten Pfahlhäusern gehören. Die Symbolik läßt auf südosteuropäische Einflüsse schließen, und es ist denkbar, daß religiöse Vorstellungen bis zum Bodensee vordrangen, die in altorientalischen Fruchtbarkeitsgottheiten ihr Vorbild hatten. Die Entdeckungen zeigen, daß wir auch nach mehr als 140 Jahren Pfahlbauforschung noch unvermittelt auf völlig Neues stoßen können und vielleicht wesentliche Phänomene noch unbekannt sind.