Bei der Untersuchung der ersten Pfahlbaufunde um 1860 war es bereits zu einer richtungsweisenden Zusammenarbeit von Archäologen, Zoologen und Botanikern gekommen. Vor allem durch die Entwicklung spezieller Fachrichtungen und Arbeitstechniken der Botanik (Pollenanalyse, Großrestanalyse, Dendrochronologie), der Zoologie (Osteologie, Ichtyologie, Malakologie, Entomologie), der Geowissenschaften (Sedimentologie) und anderer Disziplinen sind seitdem Arbeitsmethoden entstanden, für die die Feuchtsedimente geradezu ideale Einsatzmöglichkeiten bieten.

Umwelt und Wirtschaft der Siedlungen können damit detailliert erforscht werden. Der modernen Forschnung stellt sich die Frage, inwieweit die Entwicklung der Wälder und des Mikroklimas, der Böden und des Wasserhaushaltes in den einzelnen Regionen seit der Jungsteinzeit vom Menschen beeinflußt wurde. Von besonderer Bedeutung sind hierfür die Methoden der Bio- und Lithostratigraphie, der Dendrochronologie und Radiokarbondatierung mit deren Hilfe ein Datenverbund geschaffen werden kann, der einen verläßlichen Zeitansatz ermöglicht. Mit der bereits bis 8000 v.Chr. lückenlos zurückreichenden Eichenjahrringchronologie Mitteleuropas liegt ein Maßstab vor, in den mehr als 100 Siedlungen des schweizerisch-süddeutschen Alpenvorlandes und Ostfrankreichs bereits auf das Jahr genau datiert werden können. Auch in Norditalien, Österreich und Slowenien haben Jahrringlaboratorien die Arbeit an Pfahlbauhölzern aufgenommen. Es besteht somit berechtigte Hoffnung, die feinchronologischen Erkenntnisse für den gesamten Alpenraum in absehbarer Zeit zusammenfassen zu können.

Insgesamt kann heute im nordwestlichen Alpenvorland die Besiedlungsgeschichte im Zeitraum von 4200-850 v.Chr. gut überblickt werden. Sie verlief nicht gleichförmig. Im südwestdeutsch-schweizerischen Gebiet ist die über zwei Jahrtausende dauernde Uferbesiedlung der Jungsteinzeit in kürzeren Intervallen unterbrochen. Zwischen ausgehender Jungsteinzeit und Frühbronzezeit gibt es sogar eine Siedlungslücke von mehreren Jahrhunderten. Auch die Mittelbronzezeit ist hier an den großen Seen nicht mit Ufersiedlungen vertreten, während sich gleichzeitig in Norditalien geradezu ein Siedlungsboom in den Feuchtgebieten entwickelte.

Teilweise sind die Siedelphasen von der Westschweiz bis nach Südwestdeutschland gleichläufig. Diesen Phänomenen können übergreifende Änderungen in der Siedlungs- und Wirtschaftsweise, demographische Entwicklungen, aber auch natürliche Faktoren, wie Klima- und Wasserspiegelschwankungen zugrundeliegen. Gerade in der Möglichkeit, durch präzise Datierung Zusammenhänge aufzudecken und zu einem Verständnis der Wechselbeziehungen zwischen Siedelgeschehen und Umweltveränderungen zu gelangen, liegt - neben Aspekten der Chronologie und Kulturentwicklung - die besondere wissenschaftliche Bedeutung der Ufer- und Moorsiedlungen.