Anhand der Pläne und Fotos von 1944 sowie der Nachgrabungen wurden 17 ebenerdige Hausgrundrisse nachgewiesen. Diese Gebäude konnten mit der Jahrring-Datierungsmethode (Dendrochronologie) datiert werden. Die Siedlung ist einphasig und nur während weniger Jahre – von 3708 bis 3703±1 v.Chr. – genutzt worden. Die rechteckigen Häuser orientieren sich giebelständig entlang einer Nord-Süd-orientierten Hauptgasse. Die Gebäudelängen variieren zwischen 4 m und 11 m, die Breiten zwischen 3,5 m und 5,5 m. Bretter- und Flechtwände sind nachgewiesen. Die Eingänge zu den Gebäuden dürften sich zur Gasse hin befunden haben.

Die Mehrzahl der Häuser hatte einen aufwendig konstruierten Holzboden. Mehrfach wurde ein Lehmestrich über diesen hölzernen Bodenarmierungen beobachtet. Es ist davon auszugehen, dass jedes Wohnhaus eine eigene Feuerstelle hatte. Da weder Schindelbretter noch grössere Rindenstücke, Stroh- beziehungsweise Schilfreste erhalten geblieben sind, kann über die ursprüngliche Dachbedeckung nichts gesagt werden.

Mit dem living-science Projekt des Schweizer Fernsehen werden die wissenschaftlichen Forschungsergebnisse von Pfyn-Breitenloo einer interessierten Öffentlichkeit vermittelt. Mit den 10 Pfahlbau-Zeitreisenden werden zudem die originalgetreuen Nachbildungen der Artefakte aus den Ausgrabungen von 1944, 2002 und 2004 einem vierwöchigen Praxistest unterzogen. Die Abnutzungsspuren und allfälligen Materialverluste – beispielsweise Töpfe, die in Brüche gehen – dürften nach dem Experiment Rückschlüsse auf die ursprüngliche Herstellung, Verwendung und Tauglichkeit erlauben. Werkplätze, Abfallstrukturen, Wegnetze und Organisation rund um die Siedlung werden moderne Spurenbilder liefern, die direkt mit den steinzeitlichen Befunden verglichen werden können. Dies erlaubt den Archäologen, neue wissenschaftlich verwertbare Erkenntnisse zu gewinnen.

Ein besonders interessantes Projekt kann mit Geologinnen und Geologen vom Institut für prähistorische und naturwissenschaftliche Archäologie (IPNA) der Universität Basel durchgeführt werden. Diese untersuchen die Bodenverhältnisse im Bereich des Dorfes vor und nach der „modern-pfahlbauzeitlichen“ Besiedlung.

Aktivitäten wie Kochen, Werkzeuge herstellen oder auch das Umherlaufen von Mensch und Tier führen zu Veränderungen des sogenannten Gehhorizontes. Anhand von mikroskopischen Dünnschliff-Analysen an Bodenproben können die Fachleute deshalb Aussagen über die Lebensweise und Umweltbedingungen machen. Die modernen Spurenbilder werden einmaliges Grandlagenmaterial für zukünftige Interpretationen von prähistorischen Proben liefern.